Recompilando coreutils para procurar /etc/group e outros arquivos em um local diferente não alterará o fato de que a maioria do sistema ainda espera encontrar esses arquivos nos locais padrão. No seu caso, você está percebendo que a parte de libc responsável por procurar grupos e outros objetos no banco de dados do sistema, que é nss_files , continua procurando grupos no local padrão.
Se você quiser alterar o local onde o /etc/group e muitos outros arquivos de configuração muito básicos residem, você terá que recompilar libc6 e provavelmente muito de outras coisas. Quase certamente, muitas partes do sistema (scripts init vêm à mente) são codificadas para usar /etc , e nada disso foi testado, então é provável que você encontre bugs mesmo que tenha sucesso nesta tarefa ambiciosa.