Eu tenho o seguinte script tentando executá-lo no Linux, mas recebo uma mensagem de erro que line 31: Rscript: command not found . Você pode por favor me dar um conselho se eu estiver errado?
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N garunsmodel
#PBS -l mem=10g
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -A improvingherds
#PBS -m ae
nodeDir='mktemp -d /tmp/phuong.XXXXX'
cp -r /group/dairy/phuongho/garuns $nodeDir
cd $nodeDir
cd garuns
module load gcc vle // this is to load vle platform
rm -rf out
mkdir out
#In garuns.vpz. The output file path has to be changed.
#to an absolute path that's available on the node the script is running.
XXX='pwd'
sed -i "s|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|" exp/garuns.vpz
Rscript R/repetability.R
DATE='date +%Y%m%d-%H%M%S'
mkdir "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"
cp -r out "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"
Quando tentei acessar manualmente para tmp/phuong.XXXXX/garuns , em seguida, execute R, funcionou muito bem.
Isso parece um script enviado a um cluster de computação por meio de algo como o SLURM. Você deve conversar com o administrador do sistema e perguntar se o R está instalado no cluster e, em caso afirmativo, como habilitar o acesso a ele no seu script.
Nos clusters aos quais tenho acesso, algum software precisará ser carregado com o comando module load somesoftware/version , que atualiza / define as variáveis de ambiente necessárias para executar o software.
Você precisa instalar o R
Por exemplo, no Ubuntu:
sudo apt-get install r-base-core
Em seguida, o comando Rscript será reconhecido na linha de comando.
Eu fiz isso e funcionou, mas esteja ciente de que a instalação foi muito grande, com centenas de dependências instaladas. Demorou alguns minutos para instalar.
Se o R já tiver sido instalado, pode ser que a variável PATH capte o RScript errado? Verifique com which RScript
Neste caso, tente
%código%
Ou tente usar força bruta dando o caminho absoluto ao fazer referência a
export PATH=/path/to/alternate/r/bin:$PATH
, por ex.
RScript