Não é possível usar porta não padrão, pois o servidor ACME em conformidade ainda tentará entrar em contato com os 80/443 padrão para os desafios http-01 / tls-sni-01.
Por exemplo, certbot
tem opções separadas para ouvir portas não padrão, mas isso ainda não ajuda a superar o desafio:
certonly:
Options for modifying how a cert is obtained
--tls-sni-01-port TLS_SNI_01_PORT
Port used during tls-sni-01 challenge. This only
affects the port Certbot listens on. A conforming ACME
server will still attempt to connect on port 443.
(default: 443)
--http-01-port HTTP01_PORT
Port used in the http-01 challenge.This only affects
the port Certbot listens on. A conforming ACME server
will still attempt to connect on port 80. (default:
80)
Provavelmente, no seu caso, a melhor maneira seria usar outro método de verificação - webroot. Neste caso, você não precisa que o seu 80 e 443 estejam disponíveis para o mundo externo, mas apenas um diretório específico (que pode ser configurado com proxy no lado do servidor web, eu assumo).
Detalhes estão disponíveis aqui