Você pode usar o operador fx para filtrar imagens com base em altura & largura , por exemplo,
identify -format '%[fx:(h=1000 && w=1000)]\n' image.jpg
produzirá 1 se a imagem for exatamente 1000x1000 e 0 caso contrário.
Então você pode executar algo assim (ajuste o comando convert conforme suas necessidades):
for image in ./*.jpg; do
identify -format '%[fx:(h=1000 && w=1000)]\n' "$image" | grep -q 0 \
&& convert -resize 1000x1000 "$image" "${image%.*}"-converted.jpg
done