Você poderia tentar "atualizar" a instalação de todo o sistema (ou seja, no caso do Fedora, perguntar a reinstall
todos os pacotes) e consertar as sobras (diretórios pessoais do usuário, arquivos servidos, por exemplo, pelo servidor web) à mão depois.
Eu duvido muito que isso seja substancialmente menos trabalhoso do que fazer uma instalação limpa, e sempre haverá a dúvida persistente de alguns arquivos com propriedade incorreta (que, dada a lei de Murphy, irá morder você em alguns maneira desagradável no pior momento possível).
Conte para a experiência de aprendizado do modo Unix / Linux: o sistema coloca você no comando e não tenta adivinhar seus pedidos. Se você pedir para destruir o sistema, ele ficará satisfeito, sem perguntas. Com um poder incrível vêm altas responsabilidades.