você pode ter problemas de compatibilidade se os arquivos de configuração mudarem de formato ou se você tiver plug-ins incluídos nos seus arquivos de ponto (por exemplo, firefox).
Apenas experimente. Eu usei o mesmo diretório home em um sistema dual boot para Arch e openSuSe e fui bem com isso.
Você deve ficar atento a arquivos como .xinitrc
, onde normalmente é especificado um gerenciador de janelas. Portanto, certifique-se de ter todos os aplicativos instalados referenciados por scripts em seu diretório pessoal.
Se você planeja fazer alguma limpeza, eu faria backup do meu diretório home primeiro, começaria com um novo para ter padrões sãos e depois copiaria apenas as coisas que eu preciso.