Sempre que você alterar a configuração, adicione um sufixo que descreve sucintamente a configuração para o campo EXTRAVERSION do Makefile.
EXTRAVERSION=-lpae
e outra hora
EXTRAVERSION=-486
Dessa forma, configurações diferentes são versões diferentes, já que todo o ferramental está envolvido: saída diferente de uname -r , subdiretórios diferentes em /lib/modules , etc.
É o que a maioria das distribuições faz.