Você deve criar qualquer biblioteca que queira usar com o conjunto de ferramentas x86_64-w64-mingw32 usando o prefixo /usr/x86_64-w64-mingw32 ; tipicamente:
./configure --prefix=/usr/x86_64-w64-mingw32 --host=x86_64-w64-mingw32
com outras opções de que você precisa.
Isso garantirá que os cabeçalhos acabem em /usr/x86_64-w64-mingw32/include , bibliotecas em /usr/x86_64-w64-mingw32/lib e pkg-config arquivos em /usr/x86_64-w64-mingw32/lib/pkgconfig , que é onde o conjunto de ferramentas espera encontrá-los.
Em relação a pkg-config , você deve verificar se as chamadas ./configure usam x86_64-w64-mingw32-pkg-config (o que deve acontecer automaticamente com a opção --host ). Você precisará instalar mingw-w64-tools se ainda não tiver feito isso.
(Eu sou o mantenedor mingw-w64 no Debian. Eu estaria interessado em qualquer feedback que você tivesse - em particular, eu tenho pensado em empacotar o Windows iconv por um tempo, e se isso teria salvado você vez eu vou empurrar isso mais acima na minha lista de afazeres.)