Com a situação que você descreveu, não é possível fazer com que eles se comuniquem diretamente. Você precisa de outro dispositivo em algum lugar que 1) ambas as máquinas possam conversar e 2) possa fazer a tradução IPv4-para-IPv6 para você.
Eu tenho a seguinte situação: Dois computadores, um rodando Debian, o outro Ubuntu. O primeiro está conectado à internet através de uma interface que de alguma forma apenas permite conexões IPv6, e ifconfig também me diz que eth0 tem endereços IPv6. O último está conectado à interface somente por meio de uma interface IPv4 ( ifconfig só resulta em endereços IPv4). Existe uma maneira de deixá-los se comunicar? Eu não posso usar ping resp. ping6 para pingar um ao outro, depois que nenhum deles puder ser endereçado com o endereço no outro espaço de endereço.