Acho que entendi o que aconteceu. Fiz o primeiro rsync quando os serviços estavam ativos, de modo que os arquivos resultantes estavam corrompidos (tudo bem).
Depois parei os serviços e fiz um segundo rsync para copiar apenas as diferenças de maneira mais rápida.
Isso não funcionou. Talvez a bandeira -t seja a culpada? Talvez o mtime dos arquivos não seja atualizado toda vez que você escreve um byte, mas apenas quando você abre um arquivo para escrever?