Criando um arquivo fasta a partir de 2 arquivos diferentes

Question

Eu tenho 2 arquivos file1.seq e file2.seq .

Eles se parecem com estes:

file1.seq
ACGGTGTGATG

file2.seq
CGTGATGATGT

Eu quero fazer um arquivo fasta que seria como:

>file1.seq
ACGGTGTGATG
>file2.seq
CGTGATGATGT

Como posso fazer isso?

    

Answer 1

Com um loop for simples:

for f in file*.seq; do printf ">%s\n" "$f"; cat -- "$f"; done >newfile

• O loop for é executado em todos os arquivos no diretório correspondente a file*.seq .
• printf ptints o nome do arquivo.
• e cat imprimem o conteúdo desse arquivo.
• >newfile redirecty everthing para o novo arquivo chamado newfile .

Ou com awk :

awk 'FNR==1{print ">"FILENAME}1' file*.seq

• FNR==1 é o número atual do registro no arquivo
  • print ">"FILENAME imprime o nome do arquivo com um >
• 1 em todos os outros casos imprima a linha.