Faça os comandos importantes em um grupo e redirecione a saída do grupo:
for dir in dir1 dir2 ...; do
logfile="$dir"/log.log # or whatever name you want
{
: create a set of directories
: perform a set of tasks
} > "$logfile"
done
Se você quiser também a saída no terminal, altere o redirecionamento para um canal para tee
} | tee "$logfile"