> Então, por que o apache pode abrir esse diretório (dir1)?
Eu não tenho uma resposta para isso, normalmente não deveria ser possível.
> É possível fazer um grupo em grupo?
Não, no Linux, todos os membros do grupo devem ser usuários.
> Ou para tornar um grupo o proprietário de um diretório?
Sim, você pode atribuir a propriedade de um diretório a um usuário e a um grupo por meio do comando chmod myuser:mygroup mydir
. As permissões de "grupo" do diretório serão aplicadas a todos os usuários que são membros desse grupo.