Não há nenhum arquivo xmodmap padrão para todo o sistema. Depende da sua distribuição, do seu gerenciador de exibição e do ambiente de área de trabalho do usuário.
No Debian, acho que todos os gerentes de exibição executam os scripts de inicialização de sessão global em /etc/X11/Xsession.d antes de invocar a inicialização da sessão escolhida pelo usuário. O mesmo acontece com xinit . A partir de jessie, isso não inclui nenhuma chamada para xmodmap (presumivelmente porque a configuração padrão do teclado deve ser feita via XKB), mas você pode adicionar seu próprio script lá.
Você pode colocar as configurações do XKB em xorg.conf , mas não pode fazer referência a um arquivo xmodmap.