A partição inicial não é necessária para o sistema estar operacional. No entanto, muitos programas armazenam arquivos de configuração no diretório inicial. Esse pode ser o problema que você está encontrando. Nesse caso, a solução mais simples seria usar o backup (que cada usuário deveria ter). Se você não tiver backup por algum motivo, você pode recorrer à reconstrução de arquivos cruciais (isso exigirá algum googling), ou você pode reinstalar seus programas, esperando que eles ponham alguma configuração padrão sozinhos, para que você possa editá-los mais tarde .