Sim, isso é facilmente possível. Você pode copiar cada arquivo do seu sistema para a unidade flash USB e copiá-lo para a partição desejada.
Um método mais fácil, que eu recomendo, seria pegar um tarball de todo o seu sistema e depois extraí-lo para a partição que você deseja. A última coisa que você precisa fazer é garantir que a vmlinuz da partição seja reconhecida a partir do seu gerenciador de inicialização, para que você possa inicializá-la.