A menos que os programas gastem quase todo o tempo para acessar esses arquivos, isso não deve ser um problema. Mas eu sugiro que você teste (possivelmente com um número maior de indiretos de links simbólicos) e veja se você pode notar uma perda de desempenho.
FYI, o Debian introduz pelo menos 2 níveis de indirecções de links simbólicos para programas comuns via /etc/alternatives
, e eu não acho que alguém tenha reclamado.