Você pode usar SSHFS para trabalhar diretamente nos arquivos do seu computador, sem copiá-los para a máquina que está trabalhando.
mkdir ~/net/my-computer
sshfs your-computer: ~/net/my-computer
gedit ~/net/my-computer/my-secret-file.txt
fusermount -u ~/net/my-computer
Os rastreamentos de seus dados ainda podem acabar no disco por meio de troca ou arquivos temporários. Você não pode evitar isso sem ter privilégios de root no computador em que está trabalhando.
Claro que isso só protege contra alguém que rouba o disco depois de você estar trabalhando nessa máquina. Se você fizer alguma coisa nessa máquina, precisará confiar em seus administradores, pois eles podem ver todos os dados em suas máquinas sempre que desejarem.