Você pode remover o arquivo de configuração antes de atualizar e, em seguida, atualizar. Lista de arquivos de configuração que você pode obter por
rpm -qplc package.rpm
e depois - remover / renomear tudo e atualizar - ele criará um novo arquivo de configuração.
modo "correto" é um pouco diferente - no arquivo de especificações não marca o arquivo de configuração que deve ser substituído como "% config (noreplace)" - mas isso deve ser feito quando o pacote é compilado.