Sim, você pode fazer o boot duplo com o mesmo sistema operacional, mesma distro, mesma versão de distro. As diferentes partições não precisam saber umas sobre as outras, embora seja habitual (pelo menos quando o espaço em disco era precioso) compartilhar o espaço de swap quando a inicialização dupla.
A única coisa quando se usa a mesma versão de uma determinada distro (por exemplo, duas vezes Wheezy), é que se torna menos fácil manter separadas as diferentes entradas no menu de inicialização do grub.