Provavelmente sua sessão está sendo morta junto com seu xterm quando você mata X.
Tente usar nohup
para proteger seus comandos dos terminais que estão desaparecendo (o "hup" em "nohup" significa "desligamento", o que poderia acontecer no dia em que você discou para um sistema Unix via modem eo modem conexão morreu, ou em outras palavras, a linha telefônica foi desligada).
$ nohup sh -c "pkill X; emulationstation" &
O &
coloca todo o comando em segundo plano, e nohup
inicia um shell para executar o comando fornecido dentro das aspas, enquanto "imuniza" esse shell a partir do terminal que está desaparecendo.