Você está usando a ~/Applications/
Folder e Não /Applications
.
Tente:
cd /Applications
E então:
ls
~
Significa home, que é /Users/user/
. Há uma pasta de aplicativo de usuários, mas é muito raramente usada e é para aplicativos que são instalados apenas para esse determinado usuário. Todos os aplicativos padrão estão em /Applications
.