Contanto que você só precise de redesignação de botão simples (ao contrário de coisas complexas como atribuir comandos a combinações de botões ou configurar diferentes mouses de maneira diferente), o venerável xmodmap
(um utilitário X11 central) pode executar a tarefa. Por exemplo, para trocar os botões 2 e 8 de 12:
xmodmap -e 'pointer = 1 8 3 4 5 6 7 2 9 10 11 12'
Organize para executar este comando quando sua sessão da GUI for iniciada. Como fazer isso depende do seu ambiente de trabalho.