Depende do layout do seu repositório no servidor.
Se o layout estiver no formato recomendado ( link ) então o diretório "tags" será separado do diretório "trunk" (tronco onde o novo código é comprometido).
Em seguida, executar um checkout no diretório "trunk" ignorará "tags", já que não é filho de "trunk".
Você pode navegar pelo repositório no servidor e mover diretórios para obter o layout recomendado (usando algo como o TortoiseSVN no Windows). Não há um comando especial para ignorar subdiretórios em uma finalização de compra.