Na verdade, foi mais simples do que eu pensava. Basta usar o botão direito do mouse para fazer o oposto com o mesmo atalho ( Win + Alt ).
Existe algum recurso estranho do Compiz ou do KDE que permite pintar na tela com o atalho Win + Alt + cliques do mouse. Como faço para desfazer, apagar ou remover essas marcas?