Não sei exatamente como explicar isso; talvez seja um bug.
Em alguns aplicativos que foram lançados usando o Wine, se você alternar o foco da janela para fora deles, não será possível recuperar o foco. Por exemplo, se eu estou jogando um jogo como o The Sims 3 e eu alt-tab, aperte o Super-chave, ou faço seta alt-up, eu não posso voltar para a janela do aplicativo Wine. Ele mostra o aplicativo no shell do Unity ou do Gnome, mas quando eu o seleciono por tabulação alternativa, ou simplesmente clico nele, ele mostra apenas o plano de fundo da área de trabalho. Eu peguei um vídeo dele e fiz o upload dele aqui - link
Os passos que segui para causar esta condição são os seguintes:
Eu testei isso com o Compiz e o Gnome Shell e os resultados são exatamente os mesmos.