Se você ler a documentação no site que você vinculou, você verá que é um programa de linha de comando.
Todas as versões são projetadas para serem usadas a partir da linha de comando do sistema
Então você precisa abrir um terminal, encontrar o programa e executá-lo:
./program_name
Se houver algum problema impedindo sua execução, ele deverá informar.
Além disso, você deve consultar a documentação para saber como executar o programa.
Para executar o flat assembler a partir da linha de comando você precisa fornecer dois parâmetros - primeiro deve ser o nome do arquivo de origem, o segundo deve ser o nome do arquivo de destino. Se nenhum segundo parâmetro for dado, o nome do arquivo de saída será adivinhado automaticamente.