Eu percebi isso. Estou escrevendo a configuração do lightDM ao configurar o autologin de qualquer forma, e é aí que estou especificando o usuário, então o correto é especificar o padrão do sistema ao mesmo tempo: wiki.ubuntu.com/LightDM#Changing_the_Default_Session
No entanto, quando esse bug é corrigido: link Precisarei de uma maneira melhor de definir um padrão por usuário, já que o lightdm não será reconfigurado / reiniciado para cada login automático do usuário.
Mais dados: com lightDM, uma preferência de área de trabalho será pesquisada em /var/lib/AccountsService/users/$USER
(sem documentos bons, mas $HOME/.dmrc
( descrito aqui ). Quando um usuário faz login e escolhe um DE, esses dois locais são preenchidos. Assim, um script poderia fornecer um desses locais (usando a interface DBus ou gravando diretamente no arquivo AccountService) para definir um padrão adequado para o usuário.