Não, atualizar um serviço desativado com yum
não deve reativá-lo.
Suspeito, no entanto, que você nunca realmente parou o serviço - fazer systemctl disable
apenas o interrompe, iniciando automaticamente na próxima vez que você inicializar. Se o serviço já estiver sendo executado, ele não irá pará-lo - você precisa fazer systemctl stop
para isso.
Então, se você acabou de desativá-lo e não reinicializou desde então, ele ainda estará em execução.