Eu instalo a partir do site virtualbox e a atualização é instalada sem sobrescrever meus arquivos.
Se houver uma grande atualização, uma mensagem será exibida dizendo que você precisa remover a velha caixa virtual antes de instalar a nova atualização, clicar para remover o virtualbox e instalar a nova versão atualizada e ainda manter minhas configurações e vm's por tanto tempo como eu não escolho remover os arquivos de configuração.
O arquivo atualizado que você postou é o mesmo que o do VirtualBox e é um arquivo .deb que você acabou de instalar usando o software center e você não deve ter nenhum problema.