Eu examinei o master.cf, não tenho certeza do que a atualização do ISPConfig fez e atualizei para o Ubuntu 14.04, mas ele parece ter o maildrop e o dovecot configurados. Eu nunca tive o dovecot instalado. courier-imap é o que eu tenho usado. Eu notei que o master.cf também tinha o maildrop configurado.
Então eu fiz o seguinte:
main.cf:
virtual_transport = maildrop
Comando Ran para forçar a entrega de mensagens:
postqueue -f
Todo o meu email chegou.
Agora, qual é o problema em usar o maildrop? Ainda parece novo email passa por amavisd?