Se eu entendi corretamente, você pode usar tee
para essa finalidade. No script Bash, vamos supor que a seguinte linha execute seu programa C compilado:
./my_program
Substitua por:
printf "%s\n" "my input here" | tee /dev/tty | ./my_program
Isto irá imprimir my input here
no seu dispositivo de terminal e para ./my_program
no seu stdin para que possa lê-lo.