Basta reiniciar o shell como você fez no TTY usando
export DISPLAY=:0.0
gnome-shell --replace
(Uma alternativa para a segunda linha seria gnome-shell --replace & disown
, então você pode fechar o TTY)
Então você pode reiniciá-lo a partir do shell pressionando Alt + F2 e digitando r
- isto deve resolver problemas com o tema.