Não é possível tornar um programa ilegível do usuário que o está executando. Em particular, o root pode ler todos os arquivos.
O que você está pedindo não faz sentido. Você pode colocar seu contêiner criptografado em uma máquina e seu administrador não poderá lê-lo. Mas se você quiser usar o conteúdo localizado nesse contêiner, precisará descriptografar esse conteúdo e, em seguida, o administrador poderá lê-lo.
Você pode usar permissões de arquivo para proteger arquivos de usuários não-root. A criptografia não é útil para isso: a criptografia é útil apenas para proteger dados quando alguém tem acesso à mídia que contém os dados (por exemplo, para proteger dados armazenados em um disco de alguém que obtém acesso ao disco ou para proteger dados em trânsito de alguém que pode escutar o canal de comunicação).
Se você não quiser que as pessoas copiem o software, não ofereça o software em primeiro lugar. Você pode conseguir que as partes sensíveis do seu software sejam executadas em seus próprios servidores e enviar apenas alguns clientes burros. Se você quiser limitar o número de cópias que seus clientes estão executando, faça isso por meio de um contrato legal.