O rsync funciona como abaixo.
rsync options source destination
Mas o que você fez foi
rsync -a /usr.bak /usr
Não deveria ser o contrário?
Até onde eu vejo, você atrapalhou as permissões atribuindo as permissões de /usr.bak
a /usr
. Altere o comando rsync após restaurar as permissões originais no diretório /usr
e, em seguida, se você reinicializar o sistema, o problema deverá ser resolvido. O reinício é apenas para ter certeza, embora não seja obrigatório.
Às vezes, as permissões podem ficar confusas por causa dos pacotes rpm também. Você pode encontrar uma discussão relacionada a esse assunto aqui .
These files are created by rpm if it tries to update an exiting file which it can't change because of "chattr +i /usr/bin/write". i've done that ages ago after i removed the setuid-flag. strange thing, is that the +i was gone on write and chsh and the setuid was back.