Eu usaria o comando sudo
para copiar / mover os arquivos para /opt
em vez de alterar as permissões para que outros usuários possam gravar nele, além do usuário root. Um comando como este faria:
$ sudo mv <unpacked directory> /opt
$ sudo chown -R root.root /opt/<unpacked directory>
OBSERVAÇÃO: Isto não significa "" literal como um espaço reservado, coloque o nome real do diretório depois de descompactar o arquivo do Pycham.