Você pode chamá-los especificando o interpretador para carregar os scripts no crontab, com esta sintaxe:
* * * * * /usr/php/54/usr/bin/php yourscript.php
Ou, alternativamente, se você se sentir à vontade para modificar os scripts, você pode usar uma linha shebang em cima dela. Para usar a linha shebang você só precisa modificar a primeira linha do script para ficar assim:
#!/usr/php/54/usr/bin/php
Então você precisa tornar o script executável com chmod +x yourscript.php
e, em seguida, pode chamá-lo diretamente sem especificar o interpretador como:
* * * * * yourscript.php
Aqui está mais documentação sobre a linha shebang: shebang
Em muitos casos, acho que provavelmente o primeiro caminho (especificando o interpretador no crontab) seria o preferido, porque não requer que você modifique o script em si.