Ok, encontrei a minha própria resposta - e um pouco envergonhada de não ver isso no arquivo de configuração antes de postar:
# Set NOTIFY_NEW="0" if you don't want to be notified about packages which
# are not installed in your system. Yes, it's possible! There are some issues
# related to systems which have mixed stable/unstable sources. In these cases
# apt-get will consider for example that packages with "Priority:
# required"/"Essential: yes" in unstable but not in stable should be installed,
# so they will be listed in dist-upgrade output. Please take a look at
# http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=531002#44
sysvinit, é claro, é considerado obrigatório / essencial (assim como os outros que eu instalei para silenciar as notificações). Então, definindo
NOTIFY_NEW="0"
em /etc/apticron/apticron.conf
resolve o problema.