Eu montaria ecryptfs
no sistema de arquivos ntfs e ainda usaria rsync
- contanto que você não precise ler os arquivos das janelas. Apenas atente para os nomes dos caminhos longos, pois você pode encontrar alguns problemas: link
Como uma nota lateral, eu não tentei isso, mas o projeto encfs4win parece ser bom se você precisar de acesso do Windows também: link