Encontrou uma causa provável ao escrever a pergunta: Clonando o repositório em um diretório sem o caractere @ no nome corrigido.
Eu tentei executar git instaweb start em dois repositórios diferentes. Em um deles funciona bem, e indexa todos os repositórios no meu diretório home (mesmo que executado em um subdiretório). Quando executado em outro, o site simplesmente diz "404 - Nenhum projeto encontrado".
Mais informações:
@ no nome do diretório. Encontrou uma causa provável ao escrever a pergunta: Clonando o repositório em um diretório sem o caractere @ no nome corrigido.
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