O ntfs-3g é baseado em fuse , então deve ser absolutamente correto desativar o módulo do kernel que você está perguntando. Porém, ainda não está claro para mim por que alguém iria querer fazer isso.
Eu uso ntfs-3g como tipo de sistema de arquivos, estou querendo saber se CONFIG_NTFS_FS ainda é necessário? Parece que você pode remover isso.
O ntfs-3g também tem melhor desempenho que o driver ntfs do kernel?