Existe o diretório /etc/skel
que é usado como modelo para a home do novo usuário.
Você pode colocar o diretório .ssh
com permissões corretas e um pequeno shell script com comandos que você precisa para gerar e copiar chaves ssh.
Portanto, tudo o que você precisa depois da criação do usuário é ir até sua casa e executar esse script. Muito simples.
Além disso, você pode terminar o script com string
rm $0
para que ele seja excluído após a execução.