Tenho uma strong suspeita de que isso esteja acontecendo porque a diretiva location ~ \.php$ está enviando a solicitação http://sitename.com/usb/index.php como está para unix:/var/run/php5-fpm.sock e não encontra um diretório /usb/ no servidor.
Você já considerou usar um link ( ln ) chamado usb em nosso diretório raiz para /media/usb/downloads usando o location alias?