Veja o registro de sys:
Sep 18 06:48:19 Tardis.local coreservicesd[68]: SendFlattenedData, got error #268435460 (ipc/send) timed out from ::mach_msg(), sending notification kLSNotifyApplicationDeath to notificationID=1589
Sep 18 06:48:20 Tardis.local airportd[3194]: _doAutoJoin: Already associated to “Type 40 Tardis”. Bailing on auto-join.
O que eu entendo aqui é que Tardis é o processo que não está sendo morto. Como resultado, seu sistema não está sendo desligado. Tente removê-lo manualmente a partir do prompt de comando. Isso provavelmente ajudará seu sistema a se desligar.