Tanto o tema quanto os plugins são originados em oh-my-zsh/oh-my-zsh.sh , portanto, tecnicamente não deve haver diferença.
Mas um tema só deve ser usado para alterar a aparência e um plug-in está lá para adicionar novas funcionalidades.
Com a aparência, quero dizer a configuração dos valores de $PS1 , $PS2 , $RPS1 e etc.
Existem alguns plug-ins que também definem algumas aparências, como o plug-in do modo vi que define o prompt do lado direito ( $RPS1 ) quando ainda não está definido.