Parece que é um erro em iptables-restore .
Veja aqui no bugzilla ou aqui nos bugs do Debian
Basicamente, iptables-restore não pode analisar argumentos entre aspas duplas (que é o iptables-save escreve o prefixo de log como), então pega o token anterior, que é a string --log-prefix em si!
A solução é atualizar para o iptables 1.4.14-3 (atualmente no Debian sid / unstable).