Minha recomendação é:
para evitar possíveis problemas com o Plesk instalado com o MySQL 5.6.4 no mesmo servidor, seria melhor instalar o MySQL 5.6.4 para separar o servidor e depois registrá-lo em sua instância do Plesk como servidor de banco de dados externo.
Tal abordagem irá protegê-lo de possíveis incompatibilidades do Plesk com a nova versão do MySQL e você será capaz de usar a nova versão do MySQL para sua aplicação.
Acredito que para instalar o MySQL você pode fazer o download de arquivos fonte do fornecedor e compilá-los para instalar em um sistema ou encontrá-los em repositórios de terceiros.