Assumindo que você aceita marcar um ícone de arquivo em um navegador de arquivos (como o Nautilus do GNOME) como destaque, " Nautilus-Actions " pode ser interessante para você:
Nautilus-Actions is a Nautilus extension whose principal function is to allow the user to add arbitrary actions to the file manager context menus. These actions may be organized in menus and submenus, exported and shared with other desktop environments.
(Também há pacotes Debian e Ubuntu. E algumas imagens e explicações em makeuseof.com
)
Para o KDE4, ou seja, Dolphin, há algo bastante semelhante já integrado, "Menus de serviço" (via .desktop
files ) em ~/.kde/share/kde4/services/
(ou seja o que for que kde4-config --path services
retorne).