Conjectura: mysql não executa /usr/local/bin/mysql , mas um executável mysql em algum outro local em $PATH . É incomum que o /usr/local/mysql seja um arquivo executável: eu esperaria que fosse um diretório, se é que existe. Executar
type mysql
para ver o que o mysql realmente executa e, se necessário, corrija o link simbólico /usr/local/bin/mysql para apontar para o local correto.
Você pode ver o que realmente está por trás do link simbólico, adicionando a opção -L a ls (e -d , no caso de ser um diretório):
ls -lLd /usr/local/bin/mysql