Por que o sistema precisaria gravar em qualquer um desses arquivos para inicializar?
Parece que o que você está procurando é um sistema de arquivos COW (copy-on-write). Você basicamente sobrepõe outro diretório de forma transparente ao topo da raiz. Quaisquer arquivos que são modificados são copiados para o diretório e modificados lá. O original permanece intocado.
UnionFS e AuFS são os 2 principais sistemas de arquivos que fazem isso.